Dnia 25 marca 1992 r. została utworzona diecezja elbląska. Włączono do niej tereny z dawnej diecezji warmińskiej i gdańskiej oraz jedną parafię z diecezji chełmińskiej. W krótkim czasie powstały wszystkie instytucje niezbędne do funkcjonowania nowej diecezji. W 1993 r. rozpoczęto budowę Kurii Diecezjalnej Elbląskiej. Chociaż inwestycja postępowała bardzo sprawnie i już 22 kwietnia 1995 r. kardynał metropolita wrocławski Henryk Gulbinowicz dokonał jej uroczystego poświęcenia, jedno z pomieszczeń aż do roku 1997 pozostało nie ukończone. Biskup elbląski zdecydował o utworzeniu w tym miejscu Archiwum Diecezji Elbląskiej. Prace związane z dalszą budową i adaptacją pomieszczeń dla celów archiwalnych przebiegły bardzo sprawnie, głównie za sprawą przyznanych w czerwcu 1997 r. znacznych środków finansowych z niemieckiej fundacji Renovabis. Uroczystego poświęcenia archiwum w dniu 6 grudnia 1998 r. dokonał abp metropolita gdański Tadeusz Gocłowski.
Równolegle z postępującymi pracami biskup elbląski ustanowił 1 lutego 1998 r. trzyosobową Diecezjalną Komisję Archiwalną, zaś 19 września 1998 r. mianował dyrektora powstającego Archiwum Diecezji Elbląskiej.
W ciągu kolejnych lat gromadzono spuściznę archiwalną z terenu diecezji. W zasobach archiwum dominują akta parafialne, a w nich między innymi korespondencja między duszpasterzami parafii a władzami kościelnymi, akta pracowników kościelnych, szkolnictwa parafialnego, przeprowadzonych wizytacji biskupich, sprawowania sakramentów, spraw finansowych. Zachowało także się blisko 500 ksiąg metrykalnych od XVII w. do XX w., które od kilku lat poddawane są konserwacji.